Intérêt de la comparaison génomique des souches de Clostridioides difficile dans les investigations de cas groupés

Interest of Clostridioides difficile strain typing in cluster investigations

isatis aparicio

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Équipe opérationnelle d’hygiène (EOH) – Centre hospitalier universitaire (CHU) de Reims – 54, rue Cognacq-Jay – 51092 Reims cedex – France
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lydie vallet-tadeusz

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EOH – CHU de Reims – Reims – France
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lucien brasme

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Laboratoire de bactériologie – CHU de Reims – Reims – France
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odile bajolet

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EOH – CHU de Reims – Reims – France
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annick lefebvre

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Intérêt de la comparaison génomique des souches de Clostridioides difficile dans les investigations de cas groupés

Figures

Résumé

Contexte et objectif. Les infections à Clostridioides difficile sont la première cause de diarrhée infectieuse bactérienne nosocomiale chez l’adulte. Compte tenu du risque de transmission croisée, il est important de surveiller leur incidence et de détecter la survenue de cas groupés dans les unités de soins. Ces cas groupés sont investigués pour déterminer s’il s’agit d’une épidémie (transmission croisée) ou de cas non liés. Matériel et méthodes. Cette étude prospective inclut tous les résultats de prélèvements microbiologiques positifs en culture à C. difficile du centre hospitalier universitaire de Reims de 2012 à 2022. Chaque cas de C. difficile détecté au laboratoire de bactériologie est investigué par l’équipe opérationnelle d’hygiène à l’aide d’une grille de recueil. Les cas groupés au sein d’une même unité sont ensuite analysés au laboratoire de bactériologie par comparaison génomique des souches par PCR-RAPD, afin d’affirmer ou non l’épidémie. Résultats. Sur les 235 cas groupés de ces onze dernières années, on retrouve seulement 43 épisodes épidémiques (149 épisodes non épidémiques et 43 épisodes d’origine indéterminée), permettant d’éliminer une transmission croisée dans 63% des cas. Conclusion. L’élimination d’une transmission croisée dans 63% des cas grâce à la comparaison génomique conforte les équipes de soins dans leurs pratiques et contribue à cibler les services dans lesquels une intervention est nécessaire pour revoir l’application des précautions complémentaires.

Mots clés: Clostridioides difficile - Epidémie - Analyse moléculaire

Abstract

Background and objective. Clostridioides difficile infections are the leading cause of nosocomial infectious diarrhea in adults. Given the risk of cross transmission, it is important to monitor their incidence and detect the occurrence of clustered cases in care units. These clustered cases are investigated to determine whether they are epidemic (cross-transmission) or unrelated cases. Material and methods. This prospective study includes all positive microbiological culture results for C. difficile from 2012 to 2022. Each case of C. difficile detected by the microbiological laboratory is investigated by the infection prevention team using a data collection grid. Clustered cases within the same unit are subsequently analysed through genomic comparison of strains by PCR RAPD to confirm or rule out an epidemic. Results. Over the past 11 years, out of all the clustered cases, only 43 episodes were identified as epidemics (149 were non-epidemic episodes and the origin of 43 episodes remained indeterminate), thus eliminating cross-transmission in 63% of cases. Conclusion. Elimination of cross-transmission in 63% of cases through genomic comparison reinforces healthcare team’s practices and contributes to target the units where an intervention is necessary to control the application of additional precautions.

Keywords: Clostridioides difficile - Disease outbreak - Molecular analysis

Article

Citation

Historique : Reçu 22 janvier 2024 – Accepté 5 mars 2024 – Publié 29 mai 2024.

Aparicio I, Vallet-Tadeusz L, Brasme L, Bajolet O, Lefebvre A. Intérêt de la comparaison génomique des souches de Clostridioides difficile dans les investigations de cas groupés. Hygiènes. 2024;32(2):121-127. Doi : 10.25329/hy_xxxii_2_aparicio.

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