La procalcitonine est un marqueur d'infection bactérienne reconnue. Si ses valeurs opérationnelles pour les infections communautaires sont bonnes, les différentes études ayant évalué la procalcitonine comme marqueur d'infection nosocomiale ne sont pas concluantes. Les malades hospitalisés ont souvent des taux de procalcitonine de base élevés (ceci étant lié au fait que les malades ont souvent eu une infection préalable, une défaillance multiviscérale ou une chirurgie préalable, autant de marqueurs connus pour donner des taux élevés de procalcitonine), ce qui rend ce marqueur peu utile pour diagnostiquer une infection nosocomiale. L'utilisation en cinétique de ce marqueur peut cependant être intéressante dans cette indication ; l'augmentation du taux de procalcitonine par rapport à une valeur obtenue dans les cinq jours précédents est un bon marqueur d'infection nosocomiale. À l'inverse, deux valeurs inférieures à 0,1 ng/ml à 12/24 heures d'intervalle permettent d'éliminer quasi formellement un processus infectieux.