Le terme " résistance ", lorsqu'il est employé dans le cas de molécules à propriétés antimicrobiennes autres que les antibiotiques (antiseptiques, désinfectants ou conservateurs), reste souvent vague et imprécis. Pour certains auteurs, il est utilisé pour d'finir une souche bactérienne qui n'est pas inhibée par une concentration utilisée en pratique, pour d'autres il ne doit s'appliquer qu'aux cas où le mécanisme précis de la résistance est connu. Deux mécanismes principaux de résistance seront envisagés, la résistance intrinsèque ou naturelle et la résistance acquise chromosomique et extrachromosomique. Les biofilms participent de façon importante à la résistance intrinsèque des bactéries à l'action des antimicrobiens. Les conséquences de la résistance aux antiseptiques et désinfectants sur le plan épidémiologique peuvent en être une sélection de bactéries résistantes également à certains antibiotiques ce qui pourra modifier les conditions d'utilisation de ces produits.