Nous passerons en revue les techniques raisonnablement utilisables dans n'importe quel laboratoire clinique doté d'un équipement de biologie moléculaire de base, d'un coût total inférieur à 100 kF, et d'un personnel non spécialisé. Une bonne technique de marquage devrait : être applicable à toutes les espèces bactériennes, ne pas nécessiter de matériel ni de réactifs onéreux, être parfaitement reproductible et transplantable d'un laboratoire à l'autre, ne pas requérir un personnel spécialisé, être très discriminante... A l'heure actuelle, une telle technique n'existe pas. Nous pensons cependant que les techniques de PCR ribotypage, de REP-PCR ou ERIC-PCR, et d'amplification aléatoire sont les mieux adaptées au marquage des souches responsables des infections nosocomiales : elles seules peuvent être utilisées en temps réel et en routine. Les techniques plus lourdes, mais transplantables, comme le ribotypage et l'électrophorèse en champ pulsé, sont mieux adaptées au marquage des souches impliquées dans les infections communautaires.