La prise en charge des épidémies nosocomiales est un objectif prioritaire de la lutte contre les infections acquises en milieu hospitalier. Face à une épidémie probable non contrôlée par des mesures d’hygiéne standard, il est important dans certains cas d’identifier une source potentielle commune de contamination, dans l’environnement ou chez le personnel soignant, afin d’assurer la mise en place de mesures efficaces pour contrôler léépidémie. L’épidémiologie hospitalière a pour but de différencier les cas sporadiques d’infection des cas épidémiques et d’identifier les facteurs de risque d’infection et de transmission des agents pathogènes. La stratégie visant à déceler, investiguer et maîtriser une épidémie associe la mise en place obligatoire de nouvelles procédures d’hygiène ou leur amélioration, l’épidémiologie descriptive et analytique des cas, l’exploration microbiologique des réservoirs potentiels de contamination, et le typage des agents pathogènes incriminés. Ce dernier volet est l’objet du présent article. A travers trois exemples courts tirés de notre expérience, nous souhaitons montrer l’apport des marqueurs moléculaires explorant l’ensemble du génome bactérien dans l’investigation des épidémies nosocomiales.