Introduction et objectif. Depuis 2019, le séquençage du génome entier est réalisé en routine pour toutes les entérobactéries productrices de bêtalactamases à spectre élargi (EBLSE) isolées chez les patients hospitalisés en réanimation au centre hospitalier universitaire de Caen. Cette étude évalue un algorithme d’alerte simple afin de détecter les transmissions croisées et les épidémies. Matériel et méthodes. L’alerte de transmission croisée est basée sur l’identification de deux EBLSE de même espèce en réanimation adulte sur une période d’un mois glissant. Les performances de ces alertes étaient calculées pour trois espèces d’EBLSE (Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli et Enterobacter cloacae complexe) en les comparant aux données issues du séquençage des souches isolées en 2019 et 2020 puis en prospectif en 2021. Résultats. L’algorithme a été créé à partir des 320 souches d’EBLSE identifiées et séquencées : 138 E. coli, 91 K. pneumoniae et 91 E. cloacae. Le taux global de transmission croisée était de 22% en 2019-2020 (respectivement 1,5%, 42% et 33% pour chaque espèce) et de 21,2% en 2021 (0%, 16,7% et 54,0%). La valeur prédictive positive de notre algorithme est de 14,3% pour E. coli, 92,7% pour K. pneumoniae et 51,8% pour E. cloacae. Conclusion. Par une approche génomique, nous pouvons détecter et alerter toute transmission croisée afin d’adapter les mesures de prévention ainsi que les enquêtes environnementales en cas d’épidémie. L’algorithme donne une orientation précoce des alertes mais peut et doit s’adapter selon les dynamiques de diffusion, qui semblent être différentes entre espèces.
Introduction/Purpose. Since 2019, whole genome sequencing of all ESBL-producing enterobacteriaceae (E-ESBL) identified in patients hospitalized in the intensive care units (ICU) is routinely performed at Caen University Hospital. This study presents the results of an alert algorithm to detect cross-transmissions and outbreaks. Material and Methods. The cross-transmission alert is based on two same E-ESBL species identified in adult ICUs during a one-month period and we calculated its performance for three species of E-ESBL (Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli and Enterobacter cloacae complex) comparing from the sequencing data of strains isolated in 2019 and 2020 and then prospectively in 2021. Results. The algorithm was created from the 320 identified and typed EBLSE strains: 138 E. coli, 91 K. pneumoniae and 91 E. cloacae. The overall cross-transmission rate was 22% in 2019-2020 (1.5% - 42% - 33% respectively for each species) and 21.2% in 2021 (0% - 16.7% - 54.0%). The positive predictive value of our algorithm was 14.3% for E. coli, 92.7% for K. pneumoniae and 51.8% for E. cloacae. Conclusion. This genomic approach allows the HAI prevention team to give early warning of cross-transmissions and to adapt prevention measures as well as environmental surveys in case of epidemics. In perspective, the algorithm can be adapted according to the dynamics of diffusion which seem to be different between species.
Historique : Reçu 31 octobre 2022 – Accepté 12 janvier 2023 – Publié 14 mars 2023.
Fevre M, Jeanne-Leroyer C, Déquiré P, Gravey F, Le Hello S. Séquençage du génome entier des entérobactéries productrices de bêtalactamases à spectre élargi au sein d’un établissement de santé : mise en place en routine et rôle dans le contrôle des transmissions croisées. Hygiènes 2023;31(1);20-27. Doi : 10.25329/hy_xxxi_1_leroyer