Le centre national de référence (CNR) des staphylocoques est un laboratoire expert engagé dans des missions de surveillance et de lutte contre les maladies infectieuses. Il appartient à un réseau national de 43 CNR, missionnés par le ministre chargé de la santé en lien avec Santé publique France (SPF) pour des mandats de cinq ans dont la liste est disponible sur le site de SPF1.
Qui sommes-nous ?
Le CNR est composé de profils variés : techniciens de laboratoire, secrétaires, cadre médico-technique, ingénieurs, biologistes médicaux et infectiologues. Leurs activités sont soit entièrement dédiées au fonctionnement du CNR (techniciens, ingénieurs), soit partagées avec d’autres services selon un principe de multi-affectation (biologistes, secrétaires, cadre médico-technique). Notre laboratoire est basé au sein de l’institut des agents infectieux de l’hôpital de la Croix-Rousse à Lyon. Il est donc à proximité du service de maladies infectieuses et tropicales et bénéficie de la même infrastructure que le laboratoire de microbiologie du centre hospitalier universitaire (CHU).
Quelles sont nos missions ?
Expertise, surveillance, alerte, information, formation et conseil sont les mots clés des missions du CNR (Figure 1).
Expertise
Le CNR analyse environ 2 000 souches par an provenant de l’ensemble des départements métropolitains ou des DROM-COM. Le CNR a ainsi développé le séquençage du génome complet whole-genome sequencing (WGS) par next-generation sequencing (NGS) en technique de routine sur la majorité des souches envoyées pour expertise. Cela permet à la fois la recherche de toxines, le typage de la souche (attribution d’un sequence type [ST]) et la recherche de liens de clonalité entre des souches dans le cadre d’analyses épidémiologiques. L’implémentation de ces approches génomiques permet au CNR de mieux comprendre l’histoire évolutive des clones épidémiques et, par ailleurs, à l’échelle de la microévolution, de réaliser l’investigation de cas groupés. Le CNR est également sollicité pour l’expertise de souches présentant des profils atypiques ou rares de résistance aux antibiotiques et détermine ainsi des concentrations minimales inhibitrices (CMI) vraies à l’aide de l’automate Sensititre® (Thermo Fischer Scientific, Waltham, Massachusetts, États-Unis). Afin de répondre aux différentes demandes, le CNR développe régulièrement de nouvelles techniques et accompagne les laboratoires demandeurs dans le développement et la diffusion de ces techniques. Par exemple, une technique de protéomique ciblée à haut débit, permettant la détection et la quantification d’un large panel de protéines impliquées dans la virulence des staphylocoques dorés, est en cours de développement. À terme, cette approche permettra de sélectionner de nouveaux biomarqueurs et de développer éventuellement des tests rapides d’identification des pathovars afin d’optimiser la prise en charge thérapeutique des patients.
Conseil
Le CNR participe à différentes cellules de gestion d’épidémie en lien avec SPF, les équipes opérationnelles d’hygiène (EOH) et les laboratoires hospitaliers et de ville de l’ensemble du territoire. Il reçoit aussi régulièrement des biologistes et des étudiants de pays étrangers dans le cadre d’échanges et de transferts de technologie avec des laboratoires extérieurs, afin de transmettre des compétences. Ces collaborations permettent également de disposer d’un système de veille concernant l’épidémiologie globale et les clones circulants dans des pays tiers qui, pour des raisons géographiques, ou de flux touristiques ou migratoires, pourraient constituer des réservoirs de nouveaux clones susceptibles d’être introduits et de se disséminer en France.
Formation
Le CNR organise des contrôles de qualité au niveau européen afin d’échanger les connaissances entre laboratoires experts. Il organise également régulièrement des formations médicales continues (FMC) destinées aux biologistes et techniciens de laboratoire.
Surveillance et alerte
Le CNR des staphylocoques est moteur dans la surveillance épidémiologique des staphylocoques et des infections staphylococciques sur des points sensibles tels que la détection de cas groupés, l’investigation relative à la transmission, et la surveillance des clones circulant à la fois dans la population et dans les établissements de santé grâce à un réseau important de laboratoires partenaires. Il travaille également en étroite collaboration avec des équipes de recherche sur les staphylocoques au sein du Centre international de recherche en infectiologie (Ciri) telle que l’équipe StaPath. Ainsi le CNR participe à une recherche intégrée afin d’obtenir une caractérisation globale des maladies à S. aureus, de la paillasse au lit du malade et, inversement, pour comprendre l’occurrence, les mécanismes de maladies et la clairance microbienne.
Exemple d’une alerte : Staphylococcus haemolyticus au sein des réanimations néonatales
Voici un exemple d’action du CNR Staphylocoques depuis l’alerte jusqu’à l’aide à la rédaction de nouvelles recommandations et de conseils auprès des différents acteurs.
Mise en action
Depuis 2021, le CNR a constaté une augmentation des cas de bactériémies à S. haemolyticus sur cathéter dans les services de réanimation néonatale en France. À la suite d’un phénomène épidémique avec décès dans un CHU pour lequel l’expertise du CNR a été sollicitée, celui-ci a informé SPF, en avril 2022, de cette recrudescence de bactériémies afin de vérifier s’il y avait une augmentation du nombre de signalements au niveau national sans pour autant que les établissements concernés aient envoyé des souches au CNR. Le Centre opérationnel de régulation et de réponse aux urgences sanitaires et sociales (Corruss) a organisé un point de situation dès mai 2022 auquel le CNR a été convié. Dans les suites, il a été décidé de prévoir une réunion trimestrielle entre le CNR et SPF au sujet de ces épidémies. En juin, le CNR a participé à la réunion des responsables signalement des centres d’appui pour la prévention des infections associées aux soins (CPias) afin de les informer de la situation, et SPF a alerté ses interlocuteurs des CPias afin qu’ils incitent les EOH à signaler ces différentes situations et à envoyer rapidement les souches au CNR. En parallèle, la mission nationale Surveillance et prévention des infections associées aux dispositifs invasifs (Spiadi) a constaté une augmentation des bactériémies à S. haemolyticus : 27,7% en 2021 vs 18,4% en 2020, liées à un cathéter central en néonatalogie chez des patients présentant une grande prématurité et un faible poids de naissance. La Direction générale de la santé (DGS) a saisi la Société française d’hygiène hospitalière (SF2H), la Société française de néonatalogie (SFN) et la Société française de microbiologie (SFM) afin qu’elles élaborent des recommandations sur les bonnes pratiques de soins, les points critiques et les investigations à mener afin de limiter la diffusion à partir de clusters nosocomiaux en néonatalogie et en réanimation néonatale. En tant que membre de la SFM, la directrice du CNR a participé à la rédaction des recommandations de la SFM Avis relatif aux bonnes pratiques de dépistage des micro-organismes chez les patients de néonatalogie de niveau 3, publiées en janvier 2023, et à la relecture des recommandations de la SF2H et de la SFN. Par la suite, le CNR a régulièrement été sollicité pour présenter et expliquer les résultats obtenus.
Résultat de l’étude des souches
Au total, le CNR a séquencé (WGS) 492 souches de S. haemolyticus (379 associées à la réanimation néonatale et 113 hors réanimation néonatale incluant des souches de patients prématurés ou non, de soignants, d’environnement) reçues de toute la France, entre janvier 2017 et mars 2023 (Figure 2). Une caractérisation génomique (typage, résistome, virulome) a été réalisée pour caractériser les fonds génétiques circulant en France. Une analyse phylogénétique a été réalisée pour identifier des populations clonales et leur distribution géographique en incluant les génomes de 321 S. haemolyticus issus des bases publiques. Deux fonds génétiques se sont disséminés dans les réanimations néonatales françaises : ST29 et ST25. La comparaison phylogénétique montre que les deux lignées françaises diffèrent de celles décrites récemment dans les réanimations néonatales en Norvège et en Suède [1,2]. Le ST29, clone majoritaire, est endémique dans les réanimations néonatales françaises et semble être bien implanté dans les services (présence dans l’environnement, manuportage). Il présente une capacité à s’adapter localement et des transferts entre services ont été mis en évidence. Le ST25 a une distribution géographique moins large et, dans les centres hospitaliers où il s’est établi, il est présent en dehors des réanimations néonatales. Ces deux lignées ont un répertoire de gènes de virulence caractéristique des S. haemolyticus : cytotoxines, adhésines et capacité à produire du biofilm. Les souches du clone ST29 sont multirésistantes et présentent plus de marqueurs de résistance que les autres fonds génétiques présents en France : une résistance à la rifampicine, aux aminosides et à la mupirocine, ainsi qu’une sensibilité diminuée aux glycopeptides, largement utilisés dans les réanimations néonatales. La surveillance de ces souches de S. haemolyticus continue à ce jour.
Cet exemple d’alerte montre bien les multiples rôles et missions du CNR ainsi que les différents acteurs entrant en coopération en cas d’épidémie et en termes de prévention du risque infectieux.
Retrouvez toutes les informations et nos coordonnées sur notre site internet : https://cnr-staphylocoques.univ-lyon1.fr (Consulté le 06-10-2023).
Note :
1- Liste des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles : https://www.santepubliquefrance.fr/a-propos/nos-principes-fondateurs/centres-nationaux-de-reference-pour-la-lutte-contre-les-maladies-transmissibles-cnr (Consulté le 06-10-2023).
Références
1- Pain M, Hjerde E, Klingenberg C, et al. Comparative genomic analysis of Staphylococcus haemolyticus reveals key to hospital adaptation and pathogenicity. Front Microbiol 2019;10:2096.
2- Westberg R, Stegger M, Söderquist B. Molecular epidemiology of neonatal-associated Staphylococcus haemolyticus reveals endemic outbreak. Microbiol Spectr 2022;10(6):e0245222.